El segundo impacto trascendió cuando menos se esperaba, más de la mitad de la población pereció en el Mundo. Tokio 3 resurge pero desde el cielo la historia ya tiene un destino, con la llegada de Shinji Ikari de 14 años los gigantes resurgen llamados Ángeles. De esta forma el mundo corre peligro, las Naciones Unidas emprenden lucha contra estos siniestros visitantes, al mismo tiempo que el padre de Shinji le encomienda pilotear un gigante humanoide construido en secreto, el arma clave contra los visitantes del cielo, así el joven inexperto tendrá el primer encuentro con la unidad Evangelion Uno.