Año 1964, una época donde la moral era sumamente confrontada. El padre Flynn, un hombre de carácter animoso y jovial trata de cambiar la visión y las estrictas normas que tiene el colegio San Nicolás del Bronx bajo la supervisión de la hermana Aloysius Beauvier, quien cree en el poder de la disciplina. Con el ingreso del primer estudiante negro, inician las habladurías que acusan al padre Flynn de pedofilia, la hermana Aloysius iniciará una investigación moral tratando de desenmascarar a quien ella ve personalmente como un peligro moral.