Los Fantasmas de Goya transcurre en España, en el año 1792. Cuenta la historia de un grupo de personas que conviven en una época de convulsión política y cambios históricos. La historia es narrada a través de los ojos del gran artista, Francisco Goya. La trama se desarrolla durante los últimos años de la inquisición española, continúa con la invasión del ejército de Napoleón a España y finaliza con la derrota de los franceses y la restauración de la monarquía española, lograda por el poderoso ejército de Wellington.

Javier Bardem es el Hermano Lorenzo, un enigmático y astuto miembro de la inquisición, quien se involucra con la joven musa de Goya, Inés (Natalie Portman), cuando es injustamente acusada de herejía y enviada a prisión.

Stellan Skarsgard interpreta a Francisco Goya, el renombrado pintor, conocido tanto por sus coloridos retratos de la corte, como por su implacable representación de la brutalidad de la guerra y la vida en España.